Van den Enden werd als zoon van wevers te Antwerpen gedoopt op 6 februari 1602. Als kind kreeg hij les van augustijnse monniken en later van jezuïeten. Hij studeerde uiteindelijk een jaar filosofie in Leuven en een jaar grammatica in Antwerpen, en werd vervolgens leraar in jezuïetencolleges in Mechelen, Oudenaarde, Aalst, Sint-Winoksbergen, Kassel. In 1629 besloot hij in Leuven theologie te gaan studeren om in 1633 wegens dwalingen uit de jezuïetenorde te worden ontslagen, net voordat hij zijn eeuwige gelofte zou afleggen.
Vervolgens schijnt Van den Enden samen met zijn broer, Marinus, actief geweest te zijn als uitgever en verkoper van prenten van o.a. Rubens en van Dyck. Ondertussen behaalde hij een diploma geneeskunde en schreef hij neolatijnse gedichten bij devote werken van de Spaanse augustijn Bartholomeus de los Rios y Alarcon, 'Phoenix Thenensis' (1637) en 'Hierachia Mariana' (1641).
Latijnse school in Amsterdam
Rond 1645 moet Van den Enden, inmiddels gehuwd met Clara Maria Vermeeren en vader van een dochtertje, naar Amsterdam zijn verhuisd. Daar zette hij een kunsthandel op in de Nes. Als uitgever zijn van hem enkele prenten uit die tijd bekend. In 1652 ging zijn kunstwinkel echter failliet, waarna hij een school voor Latijn opende aan het Singel.
Directe democratie
Na de dood van zijn vrouw in 1657 -het echtpaar had intussen nog een aantal kinderen gekregen, waarvan de meeste op jonge leeftijd overleden- begon Van den Enden langzamerhand de reputatie van een vrijgeest en atheïst te krijgen. Dit terwijl hij zich voor de buitenwereld als vroom katholiek bleef gedragen. In zijn geschriften uit die dagen sprak hij zich uit voor een directe democratie, tegen slavernij en bepleitte hij een gelijke opvoeding voor man en vrouw. Spinoza moet hier het één en ander van hebben meegekregen voor zijn latere filosofieën.
Drie jaar later verscheen een ander politiek pamflet van zijn hand, de 'Vrye Politijke Stellingen', waarin een democratische staatsvorm gepropageerd wordt en de sociale en educatieve taken van de staat naar voren worden gebracht. Hij spreekt zich daarin uit voor vrijheid van spreken en het algemeen recht zich te ontwikkelen. Verder werkt hij de idee van volkssoevereiniteit uit. Volgens hem zal het volk door volksvergaderingen en onderling overleg aan ervaring en inzicht winnen. Functionarissen zullen ondertussen wel voortdurend gecontroleerd moeten worden, 'vooral diegenen die uitmunten in welsprekendheid en hebzucht'.
Complot in Parijs
In 1671 -hij was intussen hertrouwd met Catharina Medaens- verhuisde Van den Enden naar Parijs. Daar leefde hij aanvankelijk van het bereiden van cosmetica en het geven van taallessen. Nadat hij van de Sorbonne toestemming had gekregen om daar opnieuw een Latijnse school te beginnen, kwamen zijn vrouw en jongste dochters over. De school, genaamd 'Temple des Muses', was tevens een pension, waar o.a. de filosofen Antoine Arnauld (1612-94) en Gottfried Wilhelm Leibniz (1646-1716) kwamen logeren.
Dit hotel zou het hoofdkwartier worden van een complot tegen Lodewijk XIV, waarschijnlijk door Van den Enden zelf -in zijn laatste jaren 'Affinius' genoemd- opgezet. Onder de samenzweerders bevonden zich enkele ontevreden edelen, van wie de meest vooraanstaande hertog Louis de Rohan was. Het plan was om met behulp van Engels-Hollandse troepen een republiek te stichten in het koningsvijandige Normandië. Ook zouden ze de dauphin gevangennemen en doorstoten naar Versailles om de koning te vermoorden. Van den Enden stelde een Normandische grondwet op en schreef naar Brussel om landvoogd Monterey te interesseren voor zijn plan.
Verraad
Tijdens de ondervragingen in de Bastille liet Lodewijk XIV zich tweemaal per dag inlichten. Voor de 72-jarige Van de Enden hielden deze in dat zijn voeten en knieën op de zg 'brodequin' (Spaanse laarzen) werden geplet. Uiteindelijk werd hij wegens majesteitsschennis veroordeeld tot de galg en werden zijn geschriften in de openbaarheid verbrand. Hierdoor zijn de conceptgrondwet en een Franse, aangevulde tekst van de 'Vrije Politieke Stellingen' verloren gegaan. Zijn adellijke medeplichtigen werden op de Place de Grève onthoofd.
Nalatenschap
Dankzij zijn op schrift gestelde ideeën kan Van den Enden beschouwd worden als een voorloper van de Franse Revolutie, waarin vrijheid, gelijkheid en broederschap maatstaf werden voor een nieuwe samenleving, en als een theoreticus van een eerste vorm van directe democratie.
